Το σχολείο ιδρύθηκε το 2002 (ΦΕΚ 1248/24-9-2002) με την ονομασία 1ο ΤΕΕ Ειδικής Αγωγής (ΕΑ) Α΄Βαθμίδας και τομείς:
1. Γεωπονίας Τροφίμων & Περιβάλλοντος
2. Πληροφορικής
Το 2006 (ΦΕΚ 1509/τ.Β’/13-10-2006) ιδρύεται το ΤΕΕ Ειδικής Αγωγής Β΄Βαθμίδας με τους παρακάτω τομείς:
1. Γεωπονίας Τροφίμων & Περιβάλλοντος και ειδικότητα:
-Επιχειρηματική Γεωργία,
2.Πληροφορικής & Δικτύων και ειδικότητα:
-Υποστήριξη Συστημάτων Υπολογιστών
Το 2016 (ΦΕΚ 2532/τ. Β΄/17-08-2016 ) η ονομασία του σχολείου αλλάζει σε Ειδικό Επαγγελματικό Γυμνάσιο (Ε.Ε.Γ) και Ειδικό Επαγγελματικό Λύκειο (Ε.Ε.Λ.) Ν.Ιωνίας αντίστοιχα.
Το 2017 ( ΦΕΚ 2103/τ.Β΄/19-7-2017) το Ε.Ε.Γ. και το Ε.Ε.Λ. Ν.Ιωνίας μετατρέπονται σε Ενιαίο Ειδικό Επαγγελματικό Γυμνάσιο –Λύκειο Ν.Ιωνίας (ΕΝ.Ε.Ε.ΓΥ.-Λ)
Το τρέχον σχολικό έτος στο σχολείο λειτουργούν οι παρακάτω τομείς:
1. Γεωπονίας Τροφίμων & Περιβάλλοντος και ειδικότητα:
– Τεχνικός Φυτικής Παραγωγής
2. Πληροφορικής και ειδικότητα:
-Τεχνικός Εφαρμογών Πληροφορικής