Το Ενιαίο Ειδικό Επαγγελματικό Γυμνάσιο και Λύκειο(ΕΝ.Ε.Ε.ΓΥ.-Λ) Νέας Ιωνίας Μαγνησίας είναι δομή της Δευτεροβάθμιας Ειδικής Επαγγελματικής Εκπαίδευσης. Για την εγγραφή σ’ αυτό, απαραίτητη είναι η σχετική γνωμάτευση του Κ.Ε.ΔΑ.ΣΥ, η οποία ορίζει το συγκεκριμένο σχολικό πλαίσιο ως το πλέον κατάλληλο για το μαθητή.
α) Στο Γυμνάσιο εγγράφονται απόφοιτοι δημοτικού σχολείου γενικής ή ειδικής εκπαίδευσης και στο οποίο η φοίτηση περιλαμβάνει τέσσερις τάξεις.
Στις τάξεις του Γυμνασίου εφαρμόζονται τα ωρολόγια και αναλυτικά προγράμματα των Γυμνασίων γενικής εκπαίδευσης , όπως διαμορφώνονται με υπουργική απόφαση ,ενώ με την ολοκλήρωση της φοίτησης των μαθητών στη Δ τάξη χορηγείται τίτλος απολυτηρίου Γυμνασίου.
Στη συνέχεια οι απόφοιτοι μπορούν να συνεχίσουν τη φοίτησή τους στην Α’ τάξη Λυκείου του ΕΝ.Ε.Ε.ΓΥ.-Λ , του ΕΠΑΛ ή του ΓΕΛ, κατόπιν σχετικής γνωμάτευσης του ΚΕ.ΔΑ.ΣΥ.
β) Στο Λύκειο εγγράφονται απόφοιτοι του Επαγγελματικού Γυμνασίου και των Ειδικών και Γενικών Γυμνασίων και Λυκείων. Η φοίτηση περιλαμβάνει τέσσερις τάξεις ,κατ’ αντιστοιχία με το Εσπερινό Επαγγελματικό Λύκειο. Μετά την ολοκλήρωση της φοίτησης των μαθητών στη Δ’ τάξη Λυκείου χορηγείται απολυτήριο ,ισότιμο του γενικού ΕΠΑΛ ,και Επαγγελματικό πτυχίο επιπέδου 4 ,σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στις κείμενες διατάξεις του Εσπερινού Επαγγελματικού Λυκείου. Οι απόφοιτοι της Δ’ τάξης δύνανται, κατόπιν γνωμάτευσης του ΚΕ.ΔΑ.ΣΥ:
- να συμμετάσχουν στις πανελλαδικές εξετάσεις
- να συνεχίσουν στο Μεταλυκειακό έτος –τάξη μαθητείας , με δυνατότητα πιστοποίησης επιπέδου 5
- να επανεγγραφούν και να φοιτήσουν σε ένα ακόμη πρόγραμμα ειδικότητας ίδιου ή διαφορετικού τομέα.
Στο σχολείο λειτουργούν δύο τομείς:
- Τομέας Γεωπονίας Τροφίμων και Περιβάλλοντος
Ειδικότητα: Τεχνικός Φυτικής Παραγωγής
- Τομέας Πληροφορικής
Ειδικότητα: Τεχνικός Εφαρμογών Πληροφορικής